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R: mapping values to color palette
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# value("z") to color vector("output")
# if no zlim, breaks will override
# set color range using seq and colorpanel
val2col<-function(z, zlim, col = heat.colors(12), breaks){
if(!missing(breaks)){
if(length(breaks) != (length(col)+1)){stop("must have one more break than colour")}
}
if(missing(breaks) & !missing(zlim)){
zlim[2] <- zlim[2]+c(zlim[2]-zlim[1])*(1E-3)#adds a bit to the range in both directions
zlim[1] <- zlim[1]-c(zlim[2]-zlim[1])*(1E-3)
breaks <- seq(zlim[1], zlim[2], length.out=(length(col)+1))
}
if(missing(breaks) & missing(zlim)){
zlim <- range(z, na.rm=TRUE)
zlim[2] <- zlim[2]+c(zlim[2]-zlim[1])*(1E-3)#adds a bit to the range in both directions
zlim[1] <- zlim[1]-c(zlim[2]-zlim[1])*(1E-3)
breaks <- seq(zlim[1], zlim[2], length.out=(length(col)+1))
}
CUT <- cut(z, breaks=breaks)
colorlevels <- col[match(CUT, levels(CUT))] # assign colors to heights for each point
return(colorlevels)
}
##
## run val2col
##
library(RColorBrewer)
#rev(brewer.pal(10, "RdYlBu"))
library(gplots)
pairs.breaks = seq(-10, 10, by=0.2)
mycol = colorpanel(n=100,low="blue",mid="white",high="red") # library( gplots )
V(g)$color = val2col( log2(V(g)$fc), col=mycol,breaks=pairs.breaks)
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Scientist. Husband. Daddy. --- TOLLE. LEGE
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